Leiden staat als eeuwenoude Europese wetenschapsen cultuurstad bekend om haar universiteit. Aan de hand van vijfentwintig buitengewone boeken die een sterke band hebben met de Leidse academische geschiedenis, wordt in Boeken die geschiedenis schreven een beeld geschetst van de ontwikkeling van de wetenschap. De boeken, geschreven en gepubliceerd vanaf de oprichting van de universiteit in 1575 tot nu, zijn blijvend van invloed geweest op de stad en ver daarbuiten, en zijn tot op de dag van vandaag relevant. Van Galileo Galilei tot Albert Einstein en van Anna Maria van Schurman tot Anton de Kom: het zijn de auteurs, hun boeken en inzichten die ons denken blijven beïnvloeden. Deskundigen belichten van ieder boek het historische belang, de wetenschappelijke ontwikkeling en de waarde die het gedachtegoed nog altijd heeft.